A Képzőművészeti Főiskolán 1936-ban fejezte be tanulmányait, mestere Vaszary János volt. Első gyűjteményes kiállítását férjével, Ámos Imrével együtt az Ernst Múzeumban rendezte meg 1936-ban. 1936-tól alkotói munkásságának fő helyszíne Szentendre volt, férjével, Ámos Imrével együtt. 1937-ben együtt látogattak el Párizsba, ott találkoztak Marc Chagall művészetével, amely mindkettőjükre mély benyomást tett.
Anna Margit tragikus körülmények közt özvegyült meg, természetesen mint festőre is hatott rá a vérzivataros történelem. A második világháború idején férjét behívták munkaszolgálatra a délvidéki, majd a keleti harctérre, a háború vége felé feltehetően Szászországba hurcolták, s ott halt meg egy táborban 1944-ben vagy 1945-ben. Ekkor vált festészetében az ember bábuvá, aki ki van szolgáltatva a sorsnak. Egyre szürreálisabbá és expresszívebbé vált művészete.
1945-48-ban az Európai iskola kiállítótermében mutatta be alkotásait. 1949-től a tiltott kategóriába tartozott művészete, az 1960-as évektől már átkerült a tűrt kategóriába, ekkor jelentkezett fojtott tragikumú, gyermekien naiv tisztaságú festői mondanivalóival. 1970-ben alkotta meg olaj-vászon festői alapra fotókollázsokból álló ars poeticáját. Grafikai munkássága is figyelemreméltó.
Gazdag életművet hagyott hátra, a 20. század számos stílusirányának (expresszionizmus, szimbolizmus, szürrealizmus, absztrakt művészet) metamorfózisa valósult meg festészetében, de a groteszk és a fekete humor sem idegen az ő képein.
1984-től az Ámos Imre – Anna Margit Gyűjtemény önálló múzeumi épületben tekinthető meg Szentendrén. Anna Margit adománnyal is gyarapította a gyűjteményt.